A Köztársaság galaxis méretű háborút vív a Szeparatistákkal a békéért. Eme harc hőse a klónok, kik nap, mint nap kockára teszik életük, hogy az átlag polgárnak ne kelljen. Ám eme hősök közt is vannak, kik kiemelkednek a többi közül. Ti is ilyenek vagytok. A 444-es Különleges Klón Alakulat titkon működik és csak a Köztársaság legfelsőbb körei ismerik létezésük. Az alakulat a háború legveszélyesebb hadműveleteit hajtja végre, melyek teljesítése lehetetlen lenne az átlag klón egységeknek. A jelenlegi küldetés sem különb, ám a parancsnokság még az általánosnál is kevesebb információt közölt az alakulattal. A feladat lokalizálni egy Chiss kalóz, Stoorat hajóját és megszerezni egy ott tartózkodó Droid-ot.

A játék folyamán egy különleges klón alakukat lesztek, ahol különféle nehéz helyzetekben foglyátok próbára tenni karaktereiteket. A kaland akciódús és pörgős jelenetektől nem lesz mentes, viszont lesz nyomozós része is.